学院重视校企合作，积极推行“订单”式人才培养模式，目前已和戴尔、正大集团等世界500强以及省内外100多家签订校企合作协议，建立校外实训（实习）基地。学院重视学生职业能力的培训培养，全面实施“双证书”、“多证书”制度，设有国家级职业技能鉴定站、船员培训中心等培训机构，开展海船船员、对台渔工、和渔民转产转业培训。开展闽台合作办学实质性合作，先后与台湾海洋大学、台北海洋技术学院等多所大学建立了友好合作关系，选派学生赴台北海洋技术学院学习。